마늘을 한꺼번에 손질해 두면 요리할 때 편하지만, 보관 중 색이 변하거나 곰팡이가 생기면 준비해 둔 양을 버려야 할 수 있다. 냉장고에 넣는 것만으로 상태가 오래 유지되는 것은 아니다. 보관법은 마늘의 손질 상태에 따라 달라진다. 껍질을 벗긴 마늘과 잘게 다진 마늘은 수분과 공기에 노출되는 정도가 다르고, 냉장고 문을 열었을 때 어느 쪽을 먼저 꺼내 쓸지도 달라진다. 깐 마늘의 냉장 보관과 습기 관리 껍질을 벗긴 마늘은 0~4도 냉장 보관이 권장된다. 밀폐용기 바닥에 키친타월을 깔고 마늘을 담은 뒤 뚜껑을 닫으면 보관 중 생기는 습기를 관리하는 데 도움이 된다. 마늘 표면에 물기가 남은 채 용기에 들어가거나 습한 상태가 이어지면 품질이 떨어질 수 있다. 키친타월이 젖었다면 새것으로 바꾸고, 마늘을 꺼낼 때도 물이 묻은 손이나 도구가 닿지 않도록 하는 편이 좋다. 껍질은 마늘 바깥을 감싸 외부 환경으로부터 보호하는 역할을 한다. 껍질을 벗기면 보호 효과가 줄고, 손질 과정에서 조직이 상한 부위는 미생물에 노출되기 쉬워진다. 마늘 껍질에는 곰팡이 포자의 증식을 억제하는 작용과 관련된 페놀성 화합물이 있다. 깐 마늘은 이 껍질의 보호를 기대하기 어려운 만큼, 밀